신들의 트라이포스의 개발이 마무리된 후, 디렉터였던 테즈카 타카시는 어느 날 업무 외 시간에 닌텐도의 프로그래머인 모리타 카즈아키가 게임보이 개발 키트로 개인 프로젝트를 개발하고 있는 것을 보았다고 한다.
모리타는 게임보이의 성능을 어디까지 밀어붙일 수 있는지 실험하고 있었고, 그 때 개발하고 있던 프로젝트는 젤다와 굉장히 유사했다. 신들의 트라이포스 개발 도중 자신의 아이디어를 게임에 넣어보지 못한 것이 생각난 테즈카는 모리타에게 제대로 된 젤다 게임으로 만들어보자는 제안을 했고, 함께 업무 외 시간에 비밀리에 개발을 진행했다.
이 비밀 개발팀엔 이후 참여인원이 더 늘어났고 이후 게임의 프로토타입이 완성됐을 때 테즈카는 경영진에게 보고를 했고, 개발 승인을 받았다. 이 때 게임보이 개발 키트를 하나 더 지원받았다고 한다. 처음으로 미야모토 시게루가 개발에 직접적으로 참여하지 않은 젤다 게임이기도 하다. 테즈카에 따르면 “다른 프로젝트 때문에 바빠서” 신경을 쓰지 못 했던 것 같다고 한다. 미야모토는 게임의 완성 단계에서 테스터로 참여해 피드백을 남겼다고. 외전격 이야기임에도 상당히 충실한 스토리를 보여준다. 이렇게 된 이유는 바로 이 작품이 젤다 시리즈 처음으로 스토리 중심으로 진행되도록 개발했기 때문이다. 이전까지의 젤다 3작품은 시작하자마자 거의 링크가 자유롭게 모험을 할 수 있게 스토리나 설명을 최대한 줄이는 쪽으로 만들어졌었는데, 이 작품으로 인해 젤다 시리즈는 스토리 흐름 중심으로 전통이 이어졌다.